Người châu Âu lần đầu tiên đến Đông Nam Á vào thế kỷ 16. Chính mối lợi của thương mại là động cơ thúc đẩy họ tới đây trong khi các nhà truyền giáo bám theo các chuyến tàu và hy vọng truyền bá Thiên chúa giáo vào trong vùng.

Bồ Đào Nha là cường quốc châu Âu (hồi đó) đầu tiên thiết lập một cơ sở bám trụ vào con đường thương mại Đông Nam Á nhiều lợi nhuận này khi chinh phục Quốc gia Hồi giáo Malacca năm 1511. Người Hà Lan và Tây Ban Nha theo bước và nhanh chóng thế chỗ Bồ Đào Nha với tư cách là các cường quốc châu Âu trong vùng. Người Hà Lan chiếm Malacca từ tay người Bồ Đào Nha năm 1641 trong khi Tây Ban Nha bắt đầu thực dân hoá Philippines (được đặt tên theo Phillip II của Tây Ban Nha) từ thập kỷ 1560. Hoạt động thông qua Công ty Đông Ấn Hà Lan, người Hà Lan lập ra thành phố Batavia (hiện nay là Jakarta) để làm cơ sở thương mại và mở rộng ra những vùng khác của Java và những vùng lãnh thổ lân cận.

Anh Quốc, dưới hình thức Công ty Đông Ấn Anh, xuất hiện muộn ở khu vực này so với các nước kia. Khởi đầu từ Penang, người Anh bắt đầu mở rộng đế chế Đông Nam Á của họ. Họ cũng tạm thời chiếm lấy các vùng đất của người Hà Lan trong thời Các cuộc chiến tranh Napoleon. Năm 1819 Stamford Raffles lập ra Singapore làm cơ sở thương mại chính của người Anh để cạnh tranh với người Hà Lan. Tuy nhiên, đối thủ của họ cũng đã nguôi ngoai năm 1824 khi một hiệp ước Anh – Hà Lan đã phân ranh giới quyền lợi của họ ở Đông Nam Á. Từ thập kỷ 1850 trở đi, nhịp độ thực dân hoá được đẩy mạnh với tốc độ cao nhất.

Hiện tượng này được gọi là Chủ nghĩa thực dân cũ, với việc các cường quốc thuộc địa xâm chiếm hầu như toàn bộ lãnh thổ Đông Nam Á. Công ty Đông Ấn của Anh và Công ty Đông Ấn Hà Lan bị chính phủ của họ chia nhỏ ra, và chính phủ chiếm lấy quyền quản lý trực tiếp các thuộc địa. Chỉ còn Thái Lan là không bị nước ngoài quản lý, mặc dù, chính Thái Lan bị ảnh hưởng chính trị của các cường quốc phương Tây.

Tới năm 1913, người Anh đã chiếm các lãnh thổ Miến Điện, Malaya và Borneo, nước Pháp kiểm soát Đông Dương, Hà Lan cai trị Đông Ấn thuộc Hà Lan, Hoa Kỳ chinh phục Philippines từ tay người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha vẫn giữ được vùng Timor thuộc Bồ Đào Nha.

Sự quản lý thuộc địa có một ảnh hưởng sâu sắc với Đông Nam Á. Trong khi các cường quốc thuộc địa chiếm hầu hết các nguồn tài nguyên và thị trường rộng lớn của vùng này, thì chế độ thuộc địa cũng làm cho vùng phát triển với quy mô khác nhau. Nền kinh tế nông nghiệp thương mại, mỏ và xuất khẩu đã phát triển nhanh chóng trong giai đoạn này. Nhu cầu tăng cao về nhân công dẫn tới nhập cư hàng loạt, đặc biệt từ Raj thuộc Anh và Trung Quốc, dẫn tới sự thay đổi lớn về nhân khẩu học. Những định chế cho một quốc gia dân tộc kiểu một nhà nước quan liêu, các toà án, phương tiện truyền thông in ấn và ở tầm hẹp hơn là giáo dục hiện đại đã gieo những hạt giống đầu tiên cho các phong trào quốc gia ở những lãnh thổ thuộc địa.